Articles

Komparativ genomisk hybridisering

Komparativ genomisk hybridisering (også kendt som CGH) er en type fluorescens-in-situ-hybridisering {FISH}-teknik, der sammenligner og måler forskelle i ændringer i antallet af kopier mellem to DNA-prøver, test- og kontrolprøven, og som også giver et kort over kromosomale regioner, der er tilvundet eller tabt

Fordele ved CGH

Komparativ genomisk hybridisering har gjort det muligt at:

  • Visualisering af deletioner og duplikationer i meget små DNA-segmenter (hvilket er af stor betydning, da disse kan forekomme i syndromer med fødselsdefekter og ved kræft)
  • Søgning af hele genomet uden forudgående kendskab om den pågældende kromosomafvigelse
  • Analyse uden behov for specifikke sonder
  • Detektion af tilstedeværelsen af forstærkede gener i kræft og kortlægning af deres placering
  • I modsætning til FISH, CGH er i stand til at;

1. Identificere kromosomet med aberrationen2. Identificere det specifikke sted, hvorfra det ekstra materiale stammer

FISH er kun i stand til at identificere kromosomet med den pågældende aberration

Ulemper ved CGH

Der er fundet nogle problemer i forbindelse med brugen af CGH vedr:

  • Unøjagtigheder i visse regioner af kromosomer (i regioner med store mængder gentagelsessekvenser, centromeriske regioner af akrocentriske kromosomer og i telomerer af de fleste kromosomer
  • Kopiantalændringer kan kun spottes, hvis mere end 50% af de analyserede celler indeholder en kromosomal gevinst eller et kromosomalt tab
  • Kan ikke identificere kromosomale abnormiteter, der er balancerede
  • Mindsket følsomhed på grund af kontaminering af testcellerne med normale celler

CGH-teknik

1. Fremstilling af metafase-dias: kromosomer i metafase anvendes som mål-DNA. Colchicin anvendes derefter til at standse cellerne i mitose, og cellerne tabes derefter på objektglasset på en sådan måde, at de spredes pænt og ikke overlapper hinanden

2. Ekstraktion af test- og reference-DNA: Test-DNA: Test-DNA ekstraheres fra frisk/frosset bulkvæv eller paraffinindstøbt væv 3. Mærkning og fragmentering af test- og reference-DNA: Udføres ved en proces kaldet Nick Translation, hvor test- og reference-DNA’et mærkes direkte ved hjælp af forskellige fluorokromer – test-DNA producerer en grøn fluorescens – reference-DNA producerer en rød fluorescens

4. Hybridisering: Lige store mængder af test- og reference-DNA-mærket DNA konkurrerer om at gennemgå komplementær baseparring med specifikke sekvenser på metafasespredninger

5. Anvendelse af fluorescensmikroskopi & Digital billedanalyse: Det fluorescerende forhold mellem den røde og grønne intensitet beregnes for at afgøre, om der er sket kromosomale tab eller gevinst

Anvendelsesområder for CGH

CGH anvendes i øjeblikket inden for kræftforskning (da ændringer i antallet af kopier er af patogen betydning). i kræft) og inden for klinisk genetik (til at forbedre diagnostisk cytogenetik ved diagnosticering af ubalancerede kromosomale rearrangementer)

Links

Bibliografi

Yderligere læsning

(Artikler)

  • Comparative Genomic Hybridisation, Medvirket af Jane Bayani og Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
  • Genomscreening ved hjælp af sammenlignende genomisk hybridisering, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Cytogenetisk analyse af DNA ved hjælp af sammenlignende genomisk hybridisering, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.