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Hibridación genómica comparativa

La hibridación genómica comparativa (también conocida como CGH) es un tipo de técnica de hibridación in situ con fluorescencia {FISH} que compara y mide las diferencias en los cambios del número de copias entre 2 muestras de ADN, la muestra de prueba y la de control, y también proporciona un mapa de las regiones cromosómicas que se ganan o se pierden

Ventajas de la CGH

La hibridación genómica comparativa ha permitido:

  • Visualización de deleciones y duplicaciones en segmentos de ADN muy pequeños (lo cual es de gran importancia ya que pueden darse en síndromes de defectos congénitos y en el cáncer)
  • Búsqueda de todo el genoma sin conocimiento previo sobre la aberración cromosómica en cuestión
  • Análisis sin necesidad de sondas específicas
  • La detección de la presencia de genes amplificados en el cáncer y el mapa de su localización
  • A diferencia del FISH, la CGH es capaz de;

1. Identificar el cromosoma con la aberración2. Identificar la localización específica de donde se originó el material extra

FISH sólo es capaz de identificar el cromosoma con la aberración particular

Desventajas de la CGH

Se han encontrado algunos problemas con respecto al uso de la CGH en relación con :

  • Incorrecciones en ciertas regiones de los cromosomas (en regiones con gran cantidad de secuencias repetidas, regiones centroméricas de los cromosomas acrocéntricos y en los telómeros de la mayoría de los cromosomas
  • Los cambios en el número de copias sólo pueden detectarse si más del 50% de las células analizadas contienen una ganancia o una pérdida cromosómica
  • No se pueden identificar las anomalías cromosómicas que están equilibradas
  • Disminución de la sensibilidad debido a la contaminación de las células de prueba con células normales

Técnica CGH

1. Preparación de portaobjetos en metafase: los cromosomas en metafase se utilizan como ADN objetivo. A continuación, se utiliza colchicina para detener las células en mitosis y se dejan caer las células sobre el portaobjetos de forma que se extiendan bien y no se superpongan

2. Extracción del ADN de prueba y de referencia: El ADN de prueba se extrae de tejido fresco/congelado a granel o de tejido incrustado en parafina. Etiquetado y fragmentación del ADN de prueba y de referencia: Se lleva a cabo mediante un proceso denominado traducción de níquel, en el que el ADN de prueba y el de referencia se etiquetan directamente utilizando diferentes fluorocromos -el ADN de prueba produce una fluorescencia verde-el ADN de referencia produce una fluorescencia roja

4. Hibridación: Cantidades iguales de ADN marcado con el ADN de prueba y de referencia compiten para someterse a un emparejamiento de bases complementarias con secuencias específicas en extensiones de metafase

5. Uso de la microscopía de fluorescencia & Análisis de imágenes digitales: La relación de fluorescencia de la intensidad rojo-verde se calcula para determinar si se ha producido una pérdida o ganancia cromosómica

Aplicaciones de la CGH

La CGH se utiliza actualmente en la investigación del cáncer (ya que las alteraciones del número de copias tienen importancia patogénica en el cáncer) y en Genética Clínica (para mejorar el diagnóstico citogenético en el diagnóstico de reordenamientos cromosómicos desequilibrados)

Enlaces

Bibliografía

Lecturas adicionales

(Artículos)

  • Hibridación Genómica Comparativa, Contribuido por Jane Bayani y Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
  • Control del genoma mediante hibridación genómica comparativa, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Análisis citogenético del ADN mediante hibridación genómica comparativa, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

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