Articles

Vertaileva genomihybridisaatio

Vertaileva genomihybridisaatio (tunnetaan myös nimellä CGH) on eräänlainen fluoresenssi-in-situ-hybridisaatio {FISH} -tekniikka, jossa verrataan ja mitataan kopiolukumuutosten eroja kahden DNA-näytteen, testi- ja kontrollinäytteen, välillä ja joka myös tuottaa kartan kromosomaalisista alueista, jotka ovat lisääntyneet tai hävinneet

CGH:n hyödyt

Vertaileva genomihybridisaatio (Comparative Genomic Hybridisation, CGH) on mahdollistanut:

  • Deleetioiden ja duplikaatioiden näkyväksi tekeminen hyvin pienissä DNA-segmenteissä (mikä on erittäin tärkeää, koska niitä voi esiintyä synnynnäisissä oireyhtymissä ja syövässä)
  • Koko genomin tutkiminen ilman ennakkotietoja. käsillä olevasta kromosomipoikkeavuudesta
  • Analyysi ilman spesifisiä koettimia
  • Monistuneiden geenien esiintymisen havaitseminen syövässä ja niiden sijainnin kartoittaminen
  • Ei toisin kuin FISH, CGH pystyy;

1. Tunnistaa kromosomin, jossa on poikkeama2. Tunnistaa tietyn sijainnin, josta ylimääräinen materiaali on peräisin

FISH pystyy tunnistamaan vain sen kromosomin, jossa on tietty poikkeavuus

CGH:n haitat

Joitakin CGH:n käyttöön liittyviä ongelmia on havaittu liittyen :

  • Epäselvyyksiä kromosomien tietyillä alueilla (alueilla, joilla on paljon toistosekvenssejä, akrosentristen kromosomien sentromeerisillä alueilla ja useimpien kromosomien telomeereissä
  • Kopiolukumuutokset voidaan havaita vain, jos yli 50 %:ssa analysoiduista soluista on kromosomikasvua tai -katoa

.

  • Ei pystytä tunnistamaan kromosomipoikkeavuuksia, jotka ovat tasapainossa
  • Heikentynyt herkkyys johtuu testisolujen kontaminaatiosta normaaleilla soluilla

CGH-tekniikka

1. Metafaasilasien valmistaminen: kohde-DNA:na käytetään metafaasissa olevia kromosomeja. Tämän jälkeen käytetään kolkisiinia solujen pysäyttämiseksi mitoosissa, minkä jälkeen solut pudotetaan objektilasille siten, että ne leviävät nätisti eivätkä mene päällekkäin

2. Testi- ja referenssi-DNA:n uuttaminen: Testi-DNA uutetaan tuoreesta/pakastetusta bulkkikudoksesta tai parafiiniin upotetusta kudoksesta 3. Testi- ja referenssi-DNA:n merkitseminen ja fragmentointi: Testi- ja referenssi-DNA:n merkitseminen ja fragmentointi suoritetaan Nick Translation -nimisellä prosessilla, jossa testi- ja referenssi-DNA:ta merkitään suoraan käyttämällä eri fluorokromeja -Testi-DNA tuottaa vihreää fluoresenssia- Referenssi-DNA tuottaa punaista fluoresenssia

4. Hybridisointi: Yhtä suuret määrät testi- ja referenssi-DNA:lla leimattua DNA:ta kilpailevat komplementaarisen emäsparin muodostamisesta erityisten sekvenssien kanssa metafaasilevityksissä

5. Fluoresenssimikroskopian käyttö & Digitaalinen kuva-analyysi: Puna-vihreän intensiteetin fluoresenssisuhde lasketaan sen määrittämiseksi, onko kromosomitappiota tai -lisäystä tapahtunut

CGH:n sovellukset

CGH:ta käytetään tällä hetkellä syöpätutkimuksessa (koska kopiolukumuutoksilla on patogeneettinen merkitys). syövässä) ja kliinisessä genetiikassa (tehostamaan diagnostista sytogenetiikkaa epätasapainoisten kromosomirelaatioiden diagnosoinnissa)

Linkit

Kirjallisuusluettelo

Lisälukemisto

(Artikkelit)

  • Vertaileva genomihybridisaatio, Toimittaneet Jane Bayani ja Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
  • Genome screening by comparative genomic hybridization, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Sytogeneettinen analyysi DNA:sta vertailevan genomisen hybridisaation avulla, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.