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Hybridation génomique comparative

L’hybridation génomique comparative (autrement connue sous le nom de CGH) est un type de technique d’hybridation in situ par fluorescence {FISH} qui compare et mesure les différences dans les changements de nombre de copies entre 2 échantillons d’ADN, l’échantillon test et l’échantillon témoin, et fournit également une carte des régions chromosomiques qui sont gagnées ou perdues

Avantages de la CGH

L’hybridation génomique comparative a permis :

  • Visualisation des délétions et des duplications dans de très petits segments d’ADN (ce qui est d’une grande importance car elles peuvent se produire dans les syndromes d’anomalies congénitales et dans le cancer)
  • Recherche du génome entier sans connaissance préalable. sur l’aberration chromosomique en question
  • Analyse sans besoin de sondes spécifiques
  • Détection de la présence de gènes amplifiés dans le cancer et cartographie de leur emplacement
  • Contrairement à la FISH, la CGH est capable de ;

1. Identifier le chromosome présentant l’aberration2. Identifier l’emplacement spécifique d’où provient le matériel supplémentaire

La FISH est seulement capable d’identifier le chromosome avec l’aberration particulière

Inconvénients de la CGH

Certains problèmes concernant l’utilisation de la CGH ont été trouvés concernant :

  • Les imprécisions dans certaines régions des chromosomes (dans les régions à forte quantité de séquences répétées, les régions centromériques des chromosomes acrocentriques et dans les télomères de la plupart des chromosomes
  • Les modifications du nombre de copies ne peuvent être repérées que si plus de 50% des cellules analysées contiennent un gain ou une perte chromosomique

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  • N’a pas pu identifier les anomalies chromosomiques équilibrées
  • Sensibilité diminuée en raison de la contamination des cellules testées par des cellules normales

Technique CGH

1. Préparation de lames en métaphase : les chromosomes en métaphase sont utilisés comme ADN cible. La colchicine est ensuite utilisée pour arrêter les cellules en mitose et les cellules sont ensuite déposées sur la lame de manière à ce qu’elles soient bien étalées et ne se chevauchent pas

2. Extraction de l’ADN de test et de référence : L’ADN de test est extrait de tissus en vrac frais/congelés ou de tissus inclus en paraffine 3. Marquage et fragmentation de l’ADN test et de l’ADN de référence : est effectué par un processus appelé traduction de Nick où l’ADN test et l’ADN de référence sont marqués directement en utilisant différents fluorochromes -L’ADN test produit une fluorescence verte-L’ADN de référence produit une fluorescence rouge

4. Hybridation : Des quantités égales d’ADN marqué de l’ADN test et de l’ADN de référence entrent en compétition pour subir un appariement de bases complémentaires avec des séquences spécifiques sur des étalements en métaphase

5. Utilisation de la microscopie à fluorescence &Analyse d’image numérique : Le rapport de fluorescence de l’intensité rouge – verte est calculé afin de déterminer si une perte ou un gain chromosomique s’est produit

Aplications de la CGH

La CGH est actuellement utilisée dans la recherche sur le cancer (car les altérations du nombre de copies ont une importance pathogène dans le cancer) et en génétique clinique (pour améliorer le diagnostic cytogénétique des réarrangements chromosomiques déséquilibrés)

Liens

Bibliographie

Lectures complémentaires

(Articles)

  • Hybridation génomique comparative, Contribution de Jane Bayani et Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital et The Ontario Cancer Institute, Université de Toronto,Toronto, Ontario, Canada
  • Dépistage du génome par hybridation génomique comparative, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Analyse cytogénétique à partir de l’ADN par hybridation génomique comparative, Gérard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

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