Összehasonlító genomiális hibridizáció

Az összehasonlító genomiális hibridizáció (más néven CGH) a fluoreszcencia in situ hibridizáció {FISH} egy olyan technikája, amely összehasonlítja és méri a kópiaszám-változások különbségeit 2 DNS-minta, a teszt- és a kontrollminta között, valamint térképet készít a nyert vagy elveszett kromoszómális régiókról

A CGH előnyei

Az összehasonlító genomiális hibridizáció lehetővé tette:

• A deléciók és duplikációk láthatóvá tétele nagyon kis DNS-szakaszokban (ami nagy jelentőségű, mivel ezek születési rendellenességek szindrómáiban és rákban fordulhatnak elő)

• A teljes genom előzetes ismeretek nélküli kutatása. a szóban forgó kromoszóma-rendellenességről

• Specifikus szondák nélkül

• A rákban amplifikált gének jelenlétének kimutatása és elhelyezkedésük feltérképezése

• A FISH-től eltérően, A CGH képes;

1. Azonosítani az aberrációt tartalmazó kromoszómát2. Azonosítani a konkrét helyet, ahonnan a többletanyag származik

A FISH csak az adott aberrációval rendelkező kromoszómát képes azonosítani

A CGH hátrányai

A CGH használatával kapcsolatban néhány problémát találtak a következőkkel kapcsolatban :

• Pontatlanságok a kromoszómák bizonyos régióiban (a nagy mennyiségű ismétlődő szekvenciát tartalmazó régiókban, az akrocentrikus kromoszómák centromerikus régióiban és a legtöbb kromoszóma telomerjeiben

• A kópiaszám-változások csak akkor észlelhetők, ha az elemzett sejtek több mint 50%-a tartalmaz kromoszóma-nyereséget vagy -veszteséget

.

• Nem képes azonosítani a kiegyensúlyozott kromoszóma-rendellenességeket

• csökken az érzékenység a vizsgált sejtek normál sejtekkel való szennyeződése miatt

CGH technika

1. Metafázisos tárgylemezek készítése: a metafázisban lévő kromoszómákat használják cél-DNS-ként. Ezután kolhicinnel megállítjuk a sejteket a mitózisban, majd a sejteket úgy dobjuk a tárgylemezre, hogy szépen eloszoljanak és ne fedjék egymást

2. A teszt- és referencia DNS kivonása: A teszt-DNS-t friss/fagyasztott ömlesztett szövetből vagy paraffinba ágyazott szövetből vonjuk ki 3. A teszt- és referencia-DNS jelölése és fragmentálása: A Nick-transzlációnak nevezett eljárással történik, ahol a teszt- és referencia-DNS-t közvetlenül különböző fluorokrómok segítségével jelöljük -a teszt-DNS zöld fluoreszcenciát produkál- a referencia-DNS vörös fluoreszcenciát produkál

4. Hibridizáció: A teszt- és referencia DNS-sel jelölt DNS azonos mennyiségei versenyeznek, hogy komplementer bázispárosodáson menjenek keresztül specifikus szekvenciákkal a metafázison

5. A fluoreszcens mikroszkópia használata & Digitális képelemzés: A vörös-zöld intenzitás fluoreszcens arányát számítják ki annak megállapítására, hogy kromoszóma veszteség vagy nyereség történt-e

A CGH alkalmazásai

A CGH-t jelenleg a rákkutatásban használják (mivel a kópiaszám-változások patogén jelentőséggel bírnak. a rákban) és a klinikai genetika (a diagnosztikus citogenetika javítására a kiegyensúlyozatlan kromoszómaátrendeződések diagnosztizálásában)

Linkek

Bibliográfia

További olvasnivalók

(Cikkek)

• Comparative Genomic Hybridisation, Hozzájárult: Jane Bayani és Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
• Genomszűrés összehasonlító genomikai hibridizációval, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
• Citogenetikai elemzés DNS-ből összehasonlító genomikus hibridizációval, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

.