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Ibridazione genomica comparativa

L’ibridazione genomica comparativa (altrimenti nota come CGH) è un tipo di tecnica di ibridazione in situ a fluorescenza {FISH} che confronta e misura le differenze nei cambiamenti del numero di copie tra 2 campioni di DNA, il campione di test e quello di controllo, e fornisce anche una mappa delle regioni cromosomiche che sono guadagnate o perse

Vantaggi della CGH

L’ibridazione genomica comparativa ha permesso di:

  • Visualizzazione di delezioni e duplicazioni in segmenti di DNA molto piccoli (che è di grande importanza in quanto questi possono verificarsi in sindromi di difetti di nascita e nel cancro)
  • Ricerche dell’intero genoma senza conoscenza preliminare sull’aberrazione cromosomica in questione
  • Analisi senza la necessità di sonde specifiche
  • La rilevazione della presenza di geni amplificati nel cancro e la mappatura della loro posizione
  • A differenza della FISH, CGH è in grado di;

1. Identificare il cromosoma con l’aberrazione2. Identificare la posizione specifica da cui ha avuto origine il materiale extra

Il FISH è solo in grado di identificare il cromosoma con la particolare aberrazione

Svantaggi del CGH

Sono stati riscontrati alcuni problemi relativi all’uso del CGH riguardanti :

  • Inaccuratezza in certe regioni dei cromosomi (in regioni con un’alta quantità di sequenze ripetute, regioni centromeriche di cromosomi acrocentrici e nei telomeri della maggior parte dei cromosomi
  • Le variazioni del numero di copie possono essere individuate solo se più del 50% delle cellule analizzate contiene un aumento o una perdita cromosomica

.

  • Non è in grado di identificare anomalie cromosomiche bilanciate
  • Riduzione della sensibilità dovuta alla contaminazione delle cellule analizzate con cellule normali

Tecnica CGH

1. Preparazione di vetrini in metafase: i cromosomi in metafase sono usati come DNA bersaglio. La colchicina viene usata per arrestare le cellule in mitosi e le cellule vengono poi fatte cadere sul vetrino in modo che siano ben distribuite e non si sovrappongano

2. Estrazione del DNA di test e di riferimento: Il DNA di prova viene estratto da tessuto sfuso fresco/congelato o da tessuto incluso in paraffina 3. 3. Etichettatura e frammentazione del DNA di prova e di riferimento: Si effettua con un processo chiamato Nick Translation dove il DNA di prova e di riferimento sono etichettati direttamente usando diversi fluorocromi – il DNA di prova produce una fluorescenza verde – il DNA di riferimento produce una fluorescenza rossa

4. Ibridazione: Quantità uguali di DNA etichettato con il DNA di prova e di riferimento competono per subire l’appaiamento di basi complementari con sequenze specifiche su spread di metafase

5. Uso della microscopia a fluorescenza & Analisi dell’immagine digitale: Il rapporto fluoresce dell’intensità rosso-verde è calcolato per determinare se si è verificata una perdita o un guadagno cromosomico

Applicazioni del CGH

CGH è attualmente utilizzato nella ricerca sul cancro (poiché le alterazioni del numero di copie sono di importanza patogenetica nel cancro) e nella genetica clinica (per migliorare la citogenetica diagnostica nella diagnosi di riarrangiamenti cromosomici sbilanciati)

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Bibliografia

Ulteriori letture

(Articoli)

  • Ibridazione Genomica Comparativa, Contribuito da Jane Bayani e Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada
  • Selezione del genoma tramite ibridazione genomica comparativa, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Analisi citogenetica del DNA mediante ibridazione genomica comparativa, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

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