Ibridazione genomica comparativa
L’ibridazione genomica comparativa (altrimenti nota come CGH) è un tipo di tecnica di ibridazione in situ a fluorescenza {FISH} che confronta e misura le differenze nei cambiamenti del numero di copie tra 2 campioni di DNA, il campione di test e quello di controllo, e fornisce anche una mappa delle regioni cromosomiche che sono guadagnate o perse
Vantaggi della CGH
L’ibridazione genomica comparativa ha permesso di:
- Visualizzazione di delezioni e duplicazioni in segmenti di DNA molto piccoli (che è di grande importanza in quanto questi possono verificarsi in sindromi di difetti di nascita e nel cancro)
- Ricerche dell’intero genoma senza conoscenza preliminare sull’aberrazione cromosomica in questione
- Analisi senza la necessità di sonde specifiche
- La rilevazione della presenza di geni amplificati nel cancro e la mappatura della loro posizione
- A differenza della FISH, CGH è in grado di;
1. Identificare il cromosoma con l’aberrazione2. Identificare la posizione specifica da cui ha avuto origine il materiale extra
Il FISH è solo in grado di identificare il cromosoma con la particolare aberrazione
Svantaggi del CGH
Sono stati riscontrati alcuni problemi relativi all’uso del CGH riguardanti :
- Inaccuratezza in certe regioni dei cromosomi (in regioni con un’alta quantità di sequenze ripetute, regioni centromeriche di cromosomi acrocentrici e nei telomeri della maggior parte dei cromosomi
- Le variazioni del numero di copie possono essere individuate solo se più del 50% delle cellule analizzate contiene un aumento o una perdita cromosomica
.
- Non è in grado di identificare anomalie cromosomiche bilanciate
- Riduzione della sensibilità dovuta alla contaminazione delle cellule analizzate con cellule normali
Tecnica CGH
1. Preparazione di vetrini in metafase: i cromosomi in metafase sono usati come DNA bersaglio. La colchicina viene usata per arrestare le cellule in mitosi e le cellule vengono poi fatte cadere sul vetrino in modo che siano ben distribuite e non si sovrappongano
2. Estrazione del DNA di test e di riferimento: Il DNA di prova viene estratto da tessuto sfuso fresco/congelato o da tessuto incluso in paraffina 3. 3. Etichettatura e frammentazione del DNA di prova e di riferimento: Si effettua con un processo chiamato Nick Translation dove il DNA di prova e di riferimento sono etichettati direttamente usando diversi fluorocromi – il DNA di prova produce una fluorescenza verde – il DNA di riferimento produce una fluorescenza rossa
4. Ibridazione: Quantità uguali di DNA etichettato con il DNA di prova e di riferimento competono per subire l’appaiamento di basi complementari con sequenze specifiche su spread di metafase
5. Uso della microscopia a fluorescenza & Analisi dell’immagine digitale: Il rapporto fluoresce dell’intensità rosso-verde è calcolato per determinare se si è verificata una perdita o un guadagno cromosomico
Applicazioni del CGH
CGH è attualmente utilizzato nella ricerca sul cancro (poiché le alterazioni del numero di copie sono di importanza patogenetica nel cancro) e nella genetica clinica (per migliorare la citogenetica diagnostica nella diagnosi di riarrangiamenti cromosomici sbilanciati)
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Bibliografia
Ulteriori letture
(Articoli)
- Ibridazione Genomica Comparativa, Contribuito da Jane Bayani e Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada
- Selezione del genoma tramite ibridazione genomica comparativa, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
- Analisi citogenetica del DNA mediante ibridazione genomica comparativa, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie