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比較ゲノムハイブリダイゼーション

Comparative Genomic Hybridisation(別称CGH)は蛍光in situ Hybridisation {FISH}法の一種で、2つのDNAサンプル、テストとコントロールサンプル間のコピー数の変化の差を比較・測定し、さらに、増加または減少した染色体領域のマップを提供します

CGHの利点

comparative genomic hybridisationによって、以下のような利点が生まれました。

  • 非常に小さなDNAセグメントにおける欠失や重複の可視化(これは先天性欠損症や癌で起こりうるため非常に重要)
  • 予備知識なしに全ゲノムを調査することができる。
  • 特異的なプローブを必要としない解析
  • 癌における増幅遺伝子の検出とその位置特定
  • FISHと異なり、染色体異常がある場合は、その染色体異常の位置を特定することができます。 CGHは、以下のことが可能です。

1. 異常のある染色体を特定する2. 異常のある染色体の特定

FISHでは異常のある染色体しか特定できない

CGHの欠点

CGHの使用に関して、以下のような問題があることが判明しています。

  • 染色体の特定領域での不正確さ(反復配列が多い領域。 772>
  • コピー数の変化は、分析した細胞の50%以上が染色体の増減を含んでいる場合にのみ発見できる

  • バランスのとれた染色体異常を同定できない
  • 正常細胞への検査細胞の混入による感度低下

CGH法

1. メタフェーズスライドの作製:メタフェースの染色体を標的DNAとして使用する。 コルヒチンを用いて分裂を停止させた後、細胞をスライドに落とし、重ならないようにきれいに広げる

2. Test DNAとReference DNAの抽出。 新鮮/凍結バルク組織またはパラフィン包埋組織から、テストDNAを抽出します 3. テストDNAとリファレンスDNAのラベリングと断片化:テストDNAとリファレンスDNAを異なる蛍光色素を用いて直接ラベリングするニックトランスレーションというプロセスで行われます。 テストDNAは緑の蛍光を、リファレンスDNAは赤の蛍光を発します

4. ハイブリダイゼーション。 同量のTest DNAとReference DNAで標識されたDNAは、メタフェースのスプレッド上で特定の配列と相補的な塩基対形成が起こるように競争します

5. 蛍光顕微鏡の使用 & デジタル画像解析。 5080>

CGHの応用

CGHは現在、癌研究(コピー数の変化が病原的に重要であるため)に利用されている。 5080>

Links

Bibliography

Further reading

(Articles)

  • Comparative Genomic Hybridisation.com(英語)。 寄稿:ジェーン・バヤニ、ジェレミー・A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
  • Genome screening by comparative genomic hybridization, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu.The University of Toronto, Ontario, Canada
  • Genome screening by comparative genomic hybridization, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Cytogenetic analysis from DNA by comparative genomic hybridization, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

Cytogenetic analysis by DNA by 比較ゲノムハイブリダイゼーション

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