Articles

PacBio Sequel II Library Prep & Sequencing

Zie u ook de: Inleiding tot PacBio Sequencing en algemene informatie of stuur een monster met onze indiening formulier.

PacBio Sequel II en Sequel IIe Sequencing: Services and Performance

We bieden complete PacBio library prep, BluePippin size selection en sequencing services. De base calling en secundaire analyses zoals Reads-Of-Insert extractie, HGAP montage (kleine genomen), en IsoSeq analyses van enkele of een klein aantal SMRT-cellen zijn inbegrepen in de dienst. Wij zullen u de volledige dataset gegenereerd door de PacBio sequencer en SMRT-LINK analyses als download van onze servers ter beschikking stellen. De Bioinformatics Core biedt diepgaande analyses van PacBio-sequentiegegevens. Wij bieden nu HMW-DNA isolatie aan als een dienst. Omdat het een “single-molecule sequencing” technologie is, zullen de kwaliteit en opbrengst van de PacBio sequentie data sterk afhangen van de kwaliteit van de DNA en RNA monsters.

De PacBio Sequel II en Sequel IIe Sequencers

De Sequel II en IIe vertegenwoordigen de derde generatie PacBio sequencers. Zij genereren nu tot 8x meer sequencing data per SMRT-cel in vergelijking met de Sequel I. De read lengths metrics hebben im). Laat de elektroforese langzaam verlopen (bijv. bij 80 V, afhankelijk van de opstelling).

  • Beoordeel de zuiverheid van het monster met behulp van spectrofotometrie – de 260/280-verhouding moet tussen 1,8 en 2,0 liggen en de 260/230-verhouding moet hoger dan 2,0 zijn. PacBio beveelt MoBio PowerClean-kolommen voor monster cleanup of de hoge zout / fenol / chloroform protocol hierboven genoemde indien nodig.
  • Gebruik fluorometrische methoden (bijv. Qubit) voor DNA kwantificering indien mogelijk. Meet elk monster ten minste 3 keer en accepteer alleen reproduceerbare metingen (HMW DNA is vaak niet perfect opgelost). Spectrofotometrie is niet betrouwbaar voor kwantificaties (vooral als het DNA-extractieprotocol CTAB gebruikte).
  • De DNA-monsters die worden gebruikt voor het maken van PacBio-bibliotheken moeten met uiterste zorg worden behandeld – als u uw DNA naar onze faciliteit moet verzenden, raadpleegt u de volgende PacBio-richtlijnen voor verzending en behandeling. Meer informatie en het inzendformulier vindt u hier. Wij moeten elektronische en gedrukte exemplaren van het indieningsformulier ontvangen.

    Prijzen

    De kosten voor PacBio-sequencing weerspiegelen het aantal bibliotheken en het aantal benodigde SMRT-cellen. Onze doorberekeningstarieven kunnen hier worden bekeken. De vermelde tarieven zijn inclusief alle arbeid en reagentia. BluePippin grootteselectie is optioneel (en tegen betaling), maar wordt sterk aanbevolen. Let op onze gereduceerde hoge doorvoer (HT) tarieven; deze zijn van toepassing als 10 of meer SMRT-cellen worden gesequenced per monster of als 6 of meer bibliotheken worden gegenereerd.

    Geef een antwoord

    Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd.