Articles

Vergelijkende Genomische Hybridisatie

Comparatieve Genomische Hybridisatie (ook bekend als CGH) is een soort Fluorescentie In Situ Hybridisatie {FISH} techniek die verschillen in veranderingen in het aantal kopieën tussen 2 DNA monsters, het test- en controlemonster, vergelijkt en meet, en tevens een kaart oplevert van chromosomale regio’s die gewonnen of verloren zijn

Voordelen van CGH

Vergelijkende genomische hybridisatie heeft het mogelijk gemaakt:

  • Visualisatie van deleties en duplicaties in zeer kleine DNA-segmenten (wat van groot belang is omdat deze kunnen voorkomen bij aangeboren afwijkingen en bij kanker)
  • Opsporing van het gehele genoom zonder voorafgaande kennis over de chromosoomafwijking in kwestie
  • Analyse zonder de noodzaak van specifieke sondes
  • Het opsporen van de aanwezigheid van geamplificeerde genen bij kanker en het in kaart brengen van hun locatie
  • In tegenstelling tot FISH, is CGH in staat om;

1. Het chromosoom met de afwijking identificeren2. De specifieke plaats te bepalen vanwaar het extra materiaal afkomstig is

FISH is alleen in staat het chromosoom met de specifieke afwijking te identificeren

Nadelen van CGH

Er zijn enkele problemen bij het gebruik van CGH geconstateerd met betrekking tot :

  • Onnauwkeurigheden in bepaalde regio’s van chromosomen (in regio’s met veel herhaalde sequenties, centromeergebieden van acrocentrische chromosomen en in de telomeren van de meeste chromosomen
  • Kopiegetalveranderingen kunnen alleen worden waargenomen als meer dan 50% van de geanalyseerde cellen een chromosoomaanwinst of -verlies bevat
  • Niet in staat chromosoomafwijkingen te identificeren die evenwichtig zijn
  • Geringe gevoeligheid door contaminatie van de testcellen met normale cellen

CGH-techniek

1. Voorbereiding van metafaseglaasjes: chromosomen in de metafase worden gebruikt als het doel-DNA. Vervolgens wordt colchicine gebruikt om de cellen in mitose te arresteren en vervolgens worden de cellen zodanig op het objectglaasje gedeponeerd dat zij mooi verspreid zijn en elkaar niet overlappen

2. Extractie van test- en referentie-DNA: Het test-DNA wordt geëxtraheerd uit vers/ingevroren bulkweefsel of in paraffine ingebed weefsel 3. 3. Labelen en fragmenteren van test- en referentie-DNA: wordt uitgevoerd door een proces dat Nick Translation wordt genoemd en waarbij het test- en referentie-DNA rechtstreeks worden gelabeld met behulp van verschillende fluorochromen -het test-DNA produceert een groene fluorescentie -het referentie-DNA produceert een rode fluorescentie

4. Hybridisatie: Gelijke hoeveelheden van het Test-DNA en het Referentie-DNA gelabeld DNA concurreren om complementaire baseparing te ondergaan met specifieke sequenties op metafase spreads

5. Gebruik van fluorescentiemicroscopie & Digitale beeldanalyse: De fluoresceratio van de rood-groenintensiteit wordt berekend om te bepalen of chromosomaal verlies of chromosomale toename heeft plaatsgevonden

Toepassingen van CGH

CGH wordt momenteel gebruikt bij kankeronderzoek (omdat veranderingen in het kopienummer van pathogeen belang zijn bij kanker) en in de Klinische Genetica (om de diagnostische cytogenetica te verbeteren bij het diagnosticeren van onevenwichtige chromosomale herschikkingen)

Links

Bibliografie

Verdere lectuur

(Artikelen)

  • Comparatieve Genomische Hybridisatie, Bijgedragen door Jane Bayani en Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
  • Genome screening by comparative genomic hybridization, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Cytogenetische analyse van DNA door vergelijkende genomische hybridisatie, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

Geef een antwoord

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd.