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PacBio Sequel II Library Prep & Sequencing

Bitte lesen Sie auch die: Einführung in die PacBio Sequenzierung und Allgemeine Informationen oder senden Sie eine Probe mit unserem Einreichungsformular ein.

PacBio Sequel II und Sequel IIe Sequenzierung: Dienstleistungen und Leistung

Wir bieten die komplette PacBio-Bibliotheksvorbereitung, BluePippin-Größenauswahl und Sequenzierungsdienste an. Das Base-Calling und Sekundäranalysen wie Reads-Of-Insert-Extraktion, HGAP-Assembly (kleine Genome) und IsoSeq-Analysen von einzelnen oder wenigen SMRT-Zellen sind im Service enthalten. Wir stellen Ihnen den kompletten Datensatz, der mit dem PacBio Sequenzer und SMRT-LINK Analysen generiert wurde, zum Download auf unseren Servern zur Verfügung. Der Bioinformatik-Kern bietet vertiefte Analysen von PacBio-Sequenzdaten an. Wir bieten jetzt die Isolierung von HMW-DNA als Dienstleistung an. Da es sich um eine „Einzelmolekül-Sequenzierung“ handelt, hängen die Qualität der PacBio-Sequenzdaten und die Ausbeute stark von der Qualität der DNA- und RNA-Proben ab.

Die PacBio Sequel II und Sequel IIe Sequenzer

Die Sequel II und IIe stellen die dritte Generation der PacBio Sequenzer dar. Sie erzeugen nun bis zu 8x mehr Sequenzierdaten pro SMRT-Zelle im Vergleich zum Sequel I. Die Leselängenmetriken haben im). Bitte lassen Sie die Elektrophorese langsam laufen (z.B. bei 80V je nach Setup).

  • Bestimmen Sie die Reinheit der Probe mittels Spektralphotometrie – das 260/280-Verhältnis sollte zwischen 1,8 und 2,0 liegen und das 260/230-Verhältnis sollte höher als 2,0 sein. PacBio empfiehlt MoBio PowerClean-Säulen für die Probenreinigung oder das oben erwähnte Protokoll mit hohem Salz-/Phenol-/Chloroform-Gehalt, falls erforderlich.
  • Bitte verwenden Sie nach Möglichkeit fluorometrische Methoden (z.B. Qubit) für die DNA-Quantifizierung. Messen Sie jede Probe mindestens dreimal und akzeptieren Sie nur reproduzierbare Messungen (HMW-DNA ist oft nicht perfekt gelöst). Spektralphotometrie ist für Quantifizierungen nicht zuverlässig (insbesondere wenn das DNA-Extraktionsprotokoll CTAB verwendet hat).
  • Die DNA-Proben, die für die Herstellung von PacBio-Bibliotheken verwendet werden, müssen mit äußerster Sorgfalt behandelt werden – wenn Sie Ihre DNA an unsere Einrichtung schicken müssen, beachten Sie bitte die folgenden PacBio-Richtlinien für Versand und Handhabung. Weitere Informationen und das Einreichungsformular finden Sie hier. Wir müssen elektronische und gedruckte Kopien des Einreichungsformulars erhalten.

    Preise

    Die Kosten für die PacBio-Sequenzierung richten sich nach der Anzahl der benötigten Bibliotheken und SMRT-Zellen. Unsere Gebührensätze können hier eingesehen werden. Die aufgeführten Gebühren beinhalten alle Arbeitsleistungen und Reagenzien. Die BluePippin-Größenauswahl ist optional (und mit einer zusätzlichen Gebühr verbunden), wird aber dringend empfohlen. Bitte beachten Sie unsere reduzierten HT-Tarife, die gelten, wenn 10 oder mehr SMRT-Zellen pro Probe sequenziert oder 6 oder mehr Bibliotheken erstellt werden.

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