Porównawcza hybrydyzacja genomowa

Komparatywna hybrydyzacja genomowa (inaczej zwana CGH) jest rodzajem techniki Fluorescence In Situ Hybridisation {FISH}, która porównuje i mierzy różnice w zmianach liczby kopii pomiędzy 2 próbkami DNA, próbką badaną i kontrolną, a także dostarcza mapę regionów chromosomalnych, które są zyskiwane lub tracone

Advantages Of CGH

Komparatywna hybrydyzacja genomowa pozwoliła na:

• Wizualizację delecji i duplikacji w bardzo małych segmentach DNA (co ma duże znaczenie, gdyż mogą one występować w zespołach wad wrodzonych oraz w nowotworach)

• Badania całego genomu bez wcześniejszej wiedzy m.in. o rozpatrywanej aberracji chromosomalnej

• Analiza bez konieczności stosowania specyficznych sond

• Wykrywanie obecności amplifikowanych genów w nowotworach i mapowanie ich lokalizacji

• W przeciwieństwie do FISH, CGH jest w stanie;

1. Zidentyfikować chromosom z aberracją2. Zidentyfikować konkretną lokalizację, z której pochodzi dodatkowy materiał

FISH jest w stanie zidentyfikować tylko chromosom z daną aberracją

Disadvantages Of CGH

Znaleziono pewne problemy dotyczące stosowania CGH dotyczące :

• Niedokładności w pewnych regionach chromosomów (w regionach o dużej ilości sekwencji powtórzonych, regiony centromerowe chromosomów akrocentrycznych oraz w telomerach większości chromosomów

• Zmiany liczby kopii mogą być zauważone tylko wtedy, gdy więcej niż 50% analizowanych komórek zawiera chromosomalne wzmocnienie lub utratę

• Nie jest w stanie zidentyfikować nieprawidłowości chromosomalnych, które są zrównoważone

• Zmniejszona czułość z powodu zanieczyszczenia komórek badanych komórkami normalnymi

Technika CGH

1. Przygotowanie slajdów metafazowych: chromosomy w metafazie są wykorzystywane jako docelowe DNA. Kolchicyna jest następnie używana do zatrzymania komórek w mitozie, a komórki są następnie upuszczane na szkiełko w taki sposób, aby były ładnie rozłożone i nie nakładały się na siebie

2. Ekstrakcja Testowego i Referencyjnego DNA: Testowy DNA jest ekstrahowany ze świeżej/mrożonej tkanki luzem lub tkanki osadzonej w parafinie 3. Znakowanie i Fragmentacja Testowego i Referencyjnego DNA: Przeprowadzane jest przez proces zwany Translacją Nicka, gdzie Testowe i Referencyjne DNA są znakowane bezpośrednio przy użyciu różnych Fluorochromów – Testowe DNA wytwarza zieloną fluorescencję-Referencyjne DNA wytwarza czerwoną fluorescencję

4. Hybrydyzacja: Equal amounts of the Test and Reference DNA labelled DNA compete to undergo complementary base pairing with specific sequences on metaphase spreads

5. Use Of Fluorescence Microscopy & Cyfrowa analiza obrazu: Stosunek intensywności fluorescencji Red – Green jest obliczany w celu określenia czy nastąpiła chromosomalna Loss lub Gain

Aplications Of CGH

CGH jest obecnie wykorzystywane w Cancer Research (jako, że zmiany liczby kopii mają znaczenie patogenetyczne w nowotworach) oraz w Genetyce Klinicznej (w celu poprawy cytogenetyki diagnostycznej w diagnozowaniu niezrównoważonych rearanżacji chromosomalnych)

Linki

Bibliografia

Dalsza lektura

(Artykuły)

• Comparative Genomic Hybridisation, Przyczynił się przez Jane Bayani i Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
• Genome screening by comparative genomic hybridization, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
• Cytogenetyczna analiza z DNA przez porównawczą hybrydyzację genomową, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

.