Articles

Jämförande genomisk hybridisering

Komparativ genomisk hybridisering (även kallad CGH) är en typ av Fluorescence In Situ Hybridisation {FISH}-teknik som jämför och mäter skillnader i kopianummerförändringar mellan två DNA-prover, test- och kontrollprovet, och som också ger en karta över kromosomala regioner som har ökat eller minskat

Fördelar med CGH

Komparativ genomisk hybridisering har möjliggjort:

  • Visualisering av deletioner och duplikationer i mycket små DNA-segment (vilket är av stor betydelse eftersom dessa kan förekomma vid syndrom med fosterskador och vid cancer)
  • Sökningar av hela genomet utan förkunskaper. om den aktuella kromosomavvikelsen
  • Analys utan behov av specifika prober
  • Detektering av förekomsten av amplifierade gener i cancer och kartläggning av var de finns
  • Under skillnad från FISH, CGH kan;

1. Identifiera kromosomen med avvikelsen2. Identifiera den specifika platsen från vilken det extra materialet har sitt ursprung

FISH kan endast identifiera kromosomen med den specifika avvikelsen

Nackdelar med CGH

En del problem när det gäller användningen av CGH har hittats avseende :

  • Otillfälligheter i vissa regioner av kromosomer (i regioner med stora mängder upprepade sekvenser, centromeriska regioner av akrocentriska kromosomer och i telomererna av de flesta kromosomer
  • Kopieringsnummerförändringar kan endast upptäckas om mer än 50 % av de analyserade cellerna innehåller en kromosomal vinst eller förlust

.

  • Kan inte identifiera kromosomala avvikelser som är balanserade
  • Minskad känslighet på grund av kontaminering av testcellerna med normala celler

CGH-teknik

1. Förberedelse av metafasglas: kromosomer i metafas används som mål-DNA. Kolchicin används sedan för att stoppa cellerna i mitos och cellerna släpps sedan på objektglaset på ett sådant sätt att de sprids fint och inte överlappar varandra

2. Extraktion av test- och referens-DNA: Test-DNA: Test-DNA extraheras från färsk/fryst bulkvävnad eller paraffininbäddad vävnad 3. Märkning och fragmentering av test- och referens-DNA: Utförs genom en process som kallas Nick Translation där test- och referens-DNA märks direkt med hjälp av olika fluorokromer – test-DNA ger en grön fluorescens – referens-DNA ger en röd fluorescens

4. Hybridisering: Lika stora mängder test- och referens-DNA-märkt DNA tävlar om att genomgå komplementär basparning med specifika sekvenser på metafasfördelningar

5. Användning av fluorescensmikroskopi & Digital bildanalys: Fluorescensförhållandet mellan röd och grön intensitet beräknas för att avgöra om kromosomal förlust eller ökning har inträffat

Tillämpningar av CGH

CGH används för närvarande inom cancerforskningen (eftersom förändringar i antalet kopior är av patogen betydelse). i cancer) och inom klinisk genetik (för att förbättra diagnostisk cytogenetik för att diagnostisera obalanserade kromosomala omarrangemang)

Länkar

Bibliografi

Ytterligare läsning

(Artiklar)

  • Comparative Genomic Hybridisation, Bidrag från Jane Bayani och Jeremy A. Squire,Princess Margaret Hospital and The Ontario Cancer Institute, University of Toronto,Toronto, Ontario, Canada
  • Genomscreening med hjälp av komparativ genomisk hybridisering, Farahnaz Forozan, Ritva Karhu,JuhaIA Kononen, Anne Kallioniemi, Olli-P Kallioniemi
  • Cytogenetisk analys av DNA genom komparativ genomisk hybridisering, Gerard Tachdjian, Azzedine Aboura, Jean Michel Lapierre, Franck Viguie

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras.