Articles

PacBio Sequel II Library Prep & Sequencing

Se även: Introduktion till PacBio Sequencing och Allmän information eller skicka in ett prov med vårt inlämningsformulär.

PacBio Sequel II och Sequel IIe Sequencing: Tjänster och prestanda

Vi erbjuder kompletta PacBio-biblioteksförberedelser, BluePippin-storleksval och sekvenseringstjänster. Baskallas och sekundära analyser som extraktion av Reads-Of-Insert, HGAP-assemblering (små genomer) och IsoSeq-analyser av enstaka eller ett litet antal SMRT-celler ingår i tjänsten. Vi kommer att ge dig den fullständiga datamängden som genereras av PacBio-sekvensatorn och SMRT-LINK-analyserna för nedladdning från våra servrar. Bioinformatics Core erbjuder djupgående analyser av PacBio-sekvensdata. Vi erbjuder nu isolering av HMW-DNA som en tjänst. Eftersom PacBio-sekvensdata är en ”single-molecule sequencing”-teknik beror kvaliteten och utbytet av PacBio-sekvensdata i hög grad på kvaliteten på DNA- och RNA-proverna.

PacBio Sequel II och Sequel IIe-sequencers

Sequel II och IIe representerar den tredje generationen av PacBio-sequencers. De genererar nu upp till 8x mer sekvenseringsdata per SMRT-cell jämfört med Sequel I. Läslängdsmätningarna har im). Kör elektroforesen långsamt (t.ex. vid 80 V beroende på inställning).

  • Bedöm provets renhet med spektrofotometri – förhållandet 260/280 ska vara mellan 1,8 och 2,0 och förhållandet 260/230 ska vara högre än 2,0. PacBio rekommenderar MoBio PowerClean-kolonner för provrening eller protokollet med hög salthalt/fenol/kloroform som nämns ovan vid behov.
  • Vänligen använd fluorometriska metoder (t.ex. Qubit) för DNA-kvantifiering om möjligt. Mät varje prov minst tre gånger och acceptera endast reproducerbara mätningar (HMW-DNA är ofta inte perfekt upplöst). Spektrofotometri är inte tillförlitligt för kvantifieringar (särskilt om DNA-extraktionsprotokollet använde CTAB).
  • Den DNA-prov som används för att göra PacBio-bibliotek måste hanteras med yttersta försiktighet – om du behöver skicka ditt DNA till vår anläggning, vänligen se följande PacBio-riktlinjer för frakt och hantering. Mer information och inlämningsformuläret finns här. Vi måste få elektroniska och utskrivna kopior av inlämningsformuläret.

    Priser

    Kostnaderna för PacBio-sekvensering återspeglar antalet bibliotek och antalet SMRT-celler som krävs. Våra priser för återbäring kan ses här. De angivna avgifterna inkluderar allt arbete och alla reagenser. BluePippin size selection är valfritt (och medför en extra avgift), men rekommenderas starkt. Observera våra reducerade HT-avgifter (high throughput); dessa gäller om 10 eller fler SMRT-celler sekvenseras per prov eller om 6 eller fler bibliotek genereras.

    Lämna ett svar

    Din e-postadress kommer inte publiceras.